全区监狱系统共有22个单位，区直监狱系统共有土地96万亩，有监狱企业22个，以机械制造、建材、煤炭生产、服装加工、粮食生产为主. 区直监狱多数建于五六十年代。1969年，赤峰市、通辽市、呼伦贝尔市的各监狱随行政区划变更分别移交辽、吉、黑三省；1970年西部地区监狱撤销、大批干部随罪犯调到晋、冀两省，监狱资产移交地方；1973年恢复自治区西部监狱；1979年赤峰市、通辽市、呼伦贝尔市的监狱随行政区划从东三省收回。各盟市监狱中除锡林浩特监狱外，都是在1983年“严打”期间建立起来的，当时为了收押大批新投犯，将原来的一些旧工厂、农场改建成为监狱。随后根据押犯数量的逐年减少，撤并到目前的3所监狱。
“九五”期间在自治区党委、政府和有关部门的重视和关怀下，我区监狱建设和结构调整取得了重大进展。保安沼、乌塔其、乌兰、扎兰屯监狱完成了灾后重建工作，实现了对罪犯的集中关押，基本达到了关押条件；对萨拉齐、准格尔、土默特监狱和赤峰监狱三监区实施整体搬迁；撤销了呼盟海拉尔监狱、阿盟吉兰泰监狱和巴盟新华监狱，将第二少管所押犯调到少管所。根据目前监狱的实际需要，按照司法部监狱布局调整的总体要求，局党委在充分调研的基础上，制定了“十五”期间监狱布局调整的工作方案，撤销兴安盟乌兰浩特监狱、乌盟集宁监狱、巴盟先锋监狱、四分滩监狱、新华出监队5所盟市监狱，通过调整和建设，把我区监狱建成东、中、西布局合理，规模适中，功能完备，设施完善，领导统一的刑罚执行机关，改变自治区和盟市两级办监狱的格局，盟市不再办监狱。
创建现代化文明监狱工作迈出新的步伐。目前已创建成部级现代化文明监狱1所，区级现代化文明监狱5所，现代化文明监区18个。
财政保障程度较以往有了很大的提高，各项专项经费和投资经费都较以往有了很大的提高。
内蒙古自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，对区直监狱系统的19个单位实行垂直管理，对3个盟市监狱的业务工作进行指导。监狱管理局内设12个处室和1个机关事务服务中心。现有在职干警职工127人，其中占行政编制的干警110人，现有局领导7人，副处级以上环节领导21人，处级非领导10人，科级以下干部72人；占事业编制（机关事务服务中心）干警职工17人，其中有正、副主任各1人；少数民族干警19。
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